Tο 2006 o Αθανάσιος Τσακρής εξελέγη καθηγητής Μικροβιολογίας της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και από το 2008 διευθύνει το Εργαστήριο Μικροβιολογίας του ΕΚΠΑ.

Ιδρυτής και πρώτος διευθυντής (για σχεδόν τρεις δεκαετίες, από το 1900 έως το 1928) του Εργαστηρίου Μικροβιολογίας ήταν ο καθηγητής και ακαδημαϊκός Κωνσταντίνος Σάββας (1861-1929), που θεωρείται θεμελιωτής της Προληπτικής Ιατρικής, της Υγιεινής και της Μικροβιολογίας στην Ελλάδα και ένας από τους πρωτεργάτες της οργάνωσης των κρατικών υγειονομικών υπηρεσιών.

Σκοποί του Εργαστηρίου εξαρχής ήταν η εκπαίδευση των φοιτητών και του ιατρονοσηλευτικού προσωπικού, η έρευνα αλλά και η συμβολή του στην αντιμετώπιση προβλημάτων/κρίσεων δημόσιας υγείας. Δεν είναι τυχαίο ότι ο Κωνσταντίνος Σάββας, ως επικεφαλής του, υπήρξε συνιδρυτής του Συλλόγου Περιστολής των Ελωδών Νόσων (1905), για την καταπολέμηση της ελονοσίας, ενώ κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών πολέμων (1912-1913) αντιμετώπισε τα κρούσματα χολέρας που είχαν εμφανιστεί τόσο στον στρατό όσο και στον γενικό πληθυσμό με μαζικό εμβολιασμό.

Πάνω σ’ αυτούς τους τρεις πυλώνες εξακολουθεί να στηρίζεται η λειτουργία του Εργαστηρίου, το οποίο είναι εξοπλισμένο με υψηλής τεχνολογίας αναλυτές, από τους οποίους έχουν περάσει εκατοντάδες χιλιάδες δείγματα μέχρι σήμερα, και διαθέτει πλέον δέκα δυναμικές Μονάδες: Συλλογής Παθογόνων Μικροοργανισμών & Ποιοτικού Ελέγχου στην Κλινική Μικροβιολογία, Μυκητολογίας & Κέντρο Αναφοράς Μυκητιάσεων, Υδατογενών λοιμώξεων, Μοριακής Διάγνωσης Βακτηριακών Λοιμώξεων, Ιολογίας, Μοριακής Διερεύνησης Βακτηριακών Λοιμώξεων, Μελέτης Αντιμικροβιακών Φαρμάκων, Παρασιτολογίας, Ανοσολογίας Λοιμώξεων, καθώς και το 2ο Εργαστήριο Αναφοράς Γρίπης Νοτίου Ελλάδας.

Τις τελευταίες δεκαετίες, το Εργαστήριο Μικροβιολογίας της Ιατρικής Σχολής του ΕΚΠΑ έχει διαδραματίσει κομβικό ρόλο στην αντιμετώπιση όλων των μεγάλων κρίσεων δημόσιας υγείας στην χώρα. Από την αρχή της πανδημίας του SARS-CoV-2, σε πρωτοφανείς, ιδιαίτερα δύσκολες για όλο τον κόσμο συνθήκες, λειτούργησε ως ένα από τα τρία εθνικά εργαστήρια αναφοράς, επωμιζόμενο μεγάλο μέρος των μοριακών διαγνώσεων του ιού για τα ελληνικά νοσοκομεία, δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς.